1960 übernahm Rolf Heyne von seinem Vater die Geschäftsführung des Verlages. Im selben Jahr erschien als Taschenbuch Nummer 39 der erste Science-Fiction-Roman: "Die Triffids" des damals sehr bekannten englischen Autors John Wyndham, weitere Science-Fiction-Publikationen folgten: Zwei Jahre später erhielt die Science-Fiction bei Heyne eine eigenständige Reihe mit besonderer Gestaltung. Die Reihe Heyne Science-Fiction & Fantasy wurde ein beispielloser Erfolg. In sechs Jahrzehnten wurden über 3.500 Titel verlegt, weit über 60 Millionen Bücher fanden ihre Leserinnen und Leser – darunter legendäre Klassiker des Genres wie "Der Wüstenplanet", "Die Foundation-Trilogie" und "2001 – Odyssee im Weltraum". Bei Heyne erschienen die Stars der internationalen Science-Fiction und Fantasy, aber auch Romane zu erfolgreichen Filmen und TV-Serien wie "Star Trek" sowie Anthologien mit Science Fiction-Erzählungen aus allen Ländern der Erde. Dieser Erfolg halte bis heute an: Auch wenn sich der Buchmarkt in den vergangenen Jahren stark verändert habe, gelte der Heyne-Verlag mit Autor:innen wie Dmitry Glukhovsky, Andy Weir, Naomi Alderman, Cixin Liu, Cory Doctorow, James Corey und T.J. Klune heute immer noch als erste Adresse für alle Spielarten der phantastischen Literatur.
Mitte der 1980er Jahre verstärkte der Verlag mit der Collection Rolf Heyne den Auf- und Ausbau des Hardcovers, die schöne und hochwertige Bildbände aus den Bereichen Geschmack, Genuss und Lebensart verlegte.
Ab 1994 kam das belletristische Hardcoverbuch hinzu, später folgte auch hier ein Sachbuchprogramm mit Autor:innen wie Martha Schad, Florian Langenscheidt, Dieter Bohlen, Ulrich Strunz, Thomas Gottschalk, Peter Wohlleben, Roland Kaiser, Otto Waalkes, Guido Maria Kretschmer und vielen anderen.
In München war der Heyne Verlag an vielen Orten ansässig: zuerst in der Widenmayerstraße, später in einem kleinen Büro der heute abgerissenen Türkenkaserne, anschließend in der Türkenstraße, bevor es nach dem Tod Rolf Heynes nach der Jahrtausendwende unter Axel Springer in die Paul-Heyse-Straße ging. Als Teil der Verlagsgruppe Random House, die den Heyne Verlag von Axel Springer erwarb, folgte der Umzug in die Bayerstraße; 2014 zog der Verlag in die Neumarkter Str. 28, dem Hauptsitz der Penguin Random House Verlagsgruppe.
Damals wie heute würden gute Unterhaltung und ein breit gefächertes Programm die Bücher des Heyne Verlags auszeichnen, was am 22. April in München gefeiert wurde.