Der Merkur-Preis wird einmal im Jahr für eine Dissertation aus den Geistes-, Kultur-, Rechts-, Wirtschafts- und Sozialwissenschaften vergeben, deren fachliches, methodisches und literarisches Niveau überdurchschnittlich ist und die ihren Gegenstand aus einer in produktiver Weise unkonventionellen Perspektive in den Blick nimmt. Für den Preis infrage kommen Arbeiten, die in den vorangegangenen drei Jahren eingereicht, in deutscher Sprache verfasst und nicht bereits mit einem anderen Preis ausgezeichnet wurden (ob verteidigt oder nicht, ob publiziert oder nicht, spielt hingegen keine Rolle).
Über die Vergabe des Preises entscheiden die Mitglieder von Kuratorium und Vorstand der Stiftung im Einvernehmen mit den Herausgebern der Zeitschrift "Merkur". Geeignete Dissertationen sucht die Stiftung über die Vermittlung von Akademiker/innen aus den o.g. Disziplinen aus. Empfehlungen sind willkommen, Eigenbewerbungen hingegen nicht möglich.